Genexpressionsanalyse

Modulnummer
BI1016
Modulverantwortliche
Heinz-Uwe Hobohm
Dozenten
  • Franz Cemic
  • Andreas Peter Dominik
  • Heinz-Uwe Hobohm
  • Kurzbeschreibung

    Analyse von Transkriptomik- und anderen Hochdurchsatzdaten. Anwendung und Programmierung von Bioinformatikwerkzeugen.

    Qualifikations- und Lernziele

    Die Studierenden können in der öffentlichen Domäne verfügbare Bioinformatikwerkzeuge in Form von Analysepipelines verbinden und allein und gemeinsam selbständig eigene Werkzeuge programmieren. Sie können diese Werkzeuge zur Lösung typischer bioinformatischer Fragestellungen einsetzen.

    Lerninhalte

    Einführung in Hochdurchsatztechniken mit dem Schwerpunkt Transkriptomik, RNASeq. Proteinidentifikation aus MS-Daten. Berechnung von Hintergrundrauschen, Normalisierung, Signalsummation, Fold-change, Volcano-Plot aus DNA-Chip- und RNASeq Daten.

    Moduldauer (Semester)
    1
    Unterrichtssprache
    Deutsch
    Gesamtaufwand
    6 CrP; 180 Stunden, davon etwa 90 Stunden Präsenzzeit.
    Semesterwochenstunden
    6
    Lernformen

    Vorlesung 2 SWS, Übung 2 SWS, Praktikum 2 SWS

    Geprüfte Leistung

    Prüfungsvorleistung: Abnahme selbst programmierter Verknüpfungstools

    Prüfungsleistung: Klausur

    Bewertungsstandard

    Bewertung der Prüfungsleistung nach § 9 der Prüfungsordnung (Teil I)

    Häufigkeit des Angebots
    Einmal im Jahr
    Literatur
    • Anna Tramontano: Introduction to bioinformatics
    • Mount: Bioinformatics: Sequence and Genome analysis
    • Baxevanis / Ouellette: Bioinformatics: A practical guide
    • Kursskript
    • Aktuelle Publikationen
    Voraussetzungen

    Gute bis sehr gute Fähigkeit zur Programmierung in einer Skriptsprache, z.B. Perl oder Python, sowie einer Hochsprache (bevorzugt Java, C++, Objective C). Grundkenntnisse des Betriebssystem Unix