Skriptsprachen in der Bioinformatik

Modulnummer
BI1012
Modulverantwortliche
Heinz-Uwe Hobohm
Dozenten
Heinz-Uwe Hobohm
Kurzbeschreibung
Unix und Skriptsprachen mit Fokus auf bioinformatische Anwendungen
Qualifikations- und Lernziele

Studierende können in einer Skriptsprache wie Perl oder Python programmieren. Sie lernen spezielle Bioinformatikbibliotheken wie z.B. BioPerl kennen. Die Unix-Kommandozeile sowie die wichtigsten Unix-Tools sind ihnen vertraut.

Die Studierenden sind in der Lage, gemeinsam in der Gruppe Bioinformatikanwendungen zu erstellen und zu präsentieren.

Lerninhalte

Unix-Tools wie awk, sed, emacs, shell, shell-scripts, pipe usw. Skriptsprache wie z.B. Perl oder Python unter Anwendung bioinformatischer Bibliotheken.

Moduldauer (Semester)
1
Unterrichtssprache
Deutsch
Gesamtaufwand
6 CrP; 180 Stunden, davon etwa 60 Stunden Präsenzzeit.
Semesterwochenstunden
4
Lernformen

Seminaristischer Unterricht 4 SWS

Geprüfte Leistung

Prüfungsvorleistung: Abnahme selbst programmierter Programmieraufgaben

Prüfungsleistung: Klausur

Bewertungsstandard

Bewertung der Prüfungsleistung nach § 9 der Prüfungsordnung (Teil I)

Häufigkeit des Angebots
Jedes Semester
Literatur
  • Shelley, Peek, O'Reilly: Unix Powertools
  • Patwardhan, Siever, Spainhour: Perl in a nutshell
  • Kursskript