Algorithmen auf Sequenzen

Modulnummer
BI1017
Modulverantwortliche
Andreas Gogol-Döring
Dozenten
  • Franz Cemic
  • Andreas Peter Dominik
  • Andreas Gogol-Döring
  • Heinz-Uwe Hobohm
  • Kurzbeschreibung

    Grundlegende Methoden für das Suchen, Vergleichen, Alignieren und Assemblieren von Sequenzdaten.

    Qualifikations- und Lernziele

    Die Studierenden kennen und verstehen grundlegende Algorithmen und Datenstrukturen zur Analyse von Sequenzen, können ihre Leistungsparameter abschätzen und sie implementieren. Sie kennen gängige bioinformatische Software zur Sequenzanalyse, verstehen die verwendeten Algorithmen, und können sie anwenden, um alleine oder in Gruppen Lösungen für typische Fragestellungen der Bioinformatik zu entwickeln.

    Lerninhalte
    • Grundlegende Algorithmen und Datenstrukturen zur Analyse von Sequenzen (z.B. exakte und approximative Stringsuche, paarweises und multiples Sequenzalignment, Suffixarrays).
    • Grundlegende algorithmische Techniken (z.B. dynamische Programmierung)
    • Gängige Software zur Sequenzanalyse (z.B. Blast)
    • Anwendung der Algorithmen in Praxisbeispielen
    Moduldauer (Semester)
    1
    Unterrichtssprache
    Deutsch
    Gesamtaufwand
    6 CrP; 180 Stunden, davon etwa 90 Stunden Präsenzzeit.
    Semesterwochenstunden
    6
    Lernformen

    Seminaristischer Unterricht 4 SWS, Praktikum 2 SWS

    Geprüfte Leistung

    Prüfungsvorleistung: drei anerkannte Hausübungen

    Prüfungsleistung: Klausur oder mündliche Prüfung (Art des Leistungsnachweises wird den Studierenden rechtzeitig und in geeigneter Weise bekannt gegeben)

    Bewertungsstandard

    Bewertung der Prüfungsleistung nach § 9 der Prüfungsordnung (Teil I)

    Häufigkeit des Angebots
    Einmal im Jahr
    Literatur
    • N.C. Jones, P.A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms The MIT Press
    • D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology
    • V. Mäkinen et al: Genome-Scale Algorithm Design
    Voraussetzungen

    CS1017 Algorithmen und Datenstrukturen,

    Programmiererfahrung in einer Skriptsprache

    Vorausgesetzte Module
    Empfohlene Vorausetzungen

    Programmiererfahrung in einer Skriptsprache

    Voraussetzung für Module