Die Mikroskopie ist meist die Methode der Wahl, um Biofilme zu analysieren. Aufgrund der hohen lokalen Heterogenität von Biofilmen geben einzelne und punktuelle Analysen nur einen unvollständigen Einblick in die lokale Verteilung von Biofilmen. Um statistisch aussagekräftige Ergebnisse zu erhalten, wurde eine quantitative Methode zur Messung der Biofilmdicke entwickelt, die auf der konfokalen Laserscanning-Mikroskopie und der Programmiersprache R basiert.