Bioinformatik
Übersicht
Die Arbeitsgruppe "Life-Science-Informatics" (bestehend aus Prof. Dr. Andreas Dominik, Mitarbeiterin Frau Blesius und die Mitarbeiter Schölzel und Hartmann) arbeitet an den Bereichen innovativer Anwendungen der Informatik für Bioinformatik, Systembiologie und Medizin:
Die Modellierung biologischer Systeme mit der objektorientierten akausalen Programmiersprache Modelica, die es ermöglicht biologische Systeme über mehrere Größenordnungen hinweg auf unterschiedlichen Ebenen gleichzeitig zu beschreiben ist ein Teil dieser Arbeit.
Für die Anwendungen arbeiten wir mit Ärzten und Kliniken zusammen. Aktuell wird an einem Herz-Kreislauf-Modell gearbeitet, mit dem der plötzliche Herztod untersucht werden soll, sowie an einem Tumormodell zur Simulation des Wachstums von Krebszellen.
Im Themenbereich Arzneistoffforschung wird entwickelt Software zur Vorhersage der Wirksamkeit neuer Medikamente. Das Ziel ist, bestehende Wirkstoffe zu verbessern und neue aktive Substanzen vorzuschlagen.
Kooperationspartner sind hier große internationale Pharmaunternehmen.
In allen Projekten werden aktuelle und teilweise selbst entwickelte Methoden des Machine Learning und Data Mining verwendet. Außerdem zeigen die biologischen Modelle deterministisch chaotisches Verhalten und müssen mit den Mitteln der Chaostheorie beschrieben werden.
Aktuelle Projektangebote gibt es im Bereich des computer-gestützten Arzneistoffdesigns (Grundkenntnisse und Interesse an Chemie erforderlich) sowie im Bereich Analyse von EKG-Zeitreihen (Interesse an Data Mining und Chaostheorie erforderlich sowie gute Ruby-on-Rails-Kenntnisse, da sowohl Analysealgorithmen entwickelt als auch unsere web-basierte Analyseplattform fortgeführt werden müssen).
Natürlich sind immer auch Abschlussarbeiten bei Kooperationspartnern im In- und Ausland möglich.
Prof. Dr. Andreas Dominik
Werdegang
Before I joined the THM - University of Applied Sciences in September 2009, I served at the Basel based wega Informatik AG as Director Life Sciences, with accountability for software development projects in pharmaceutical R&D. As the founder of dominik life-science informatics, I accomplished projects on research strategy, life science informatics and innovation management for global research organisations.
Before, I worked for more than 10 years with global pharmaceutical companies in different roles in the field of chemo- and bioinformatics in the target areas oncology and inflammation.
Schwerpunkte
My current research interests focus on the development of machine learning algorithms and artificial neural networks (commonly referred to as artificial intelligence, AI) to support medical diagnoses in the fields of oncology and cardiovascular diseases.
Projekte
A selection of current theses can be found here.
Prof. Dr. Andreas Gogol-Döring
Werdegang
- Studium der Informatik (Diplom) sowie vieler weiterer Fächer
- Promotion im Bereich Bioinformatik
- Postdoc am Max Dellbrück Centrum (Berlin)
- Leiter der Bioinformatik am Deutschen Zentrum für Biodiversitätsforschung (Leipzig)
- seit WiSe 2015 Professor an der THM
Schwerpunkt
Bioinformatik
Einsatz informatischer Methoden bei der Auswertung von Daten in den Lebenswissenschaften. Schwerpunkt u.A. in den Bereichen Hochdurchsatz-DNA-Sequenzierung (NGS), Integrationsmuster von Viren und transposonaler Elemente, Analyse genombasierter Daten, Multi-OMICs
Interessen
Algorithmen und Data Science
Wie wird aus Daten Wissen? Welche Methoden und Software können dabei helfen? Wie kann man die Ergebnisse visualisieren? Wie lässt sich die Analyse automatisieren oder benutzerfreundlich gestalten?
Qualität der (Daten-) Wissenschaft
Welche Aussagekraft haben die Ergebnisse (statistischer) Datenanalysen, Modelle, Simulationen? Wo liegen systematische Fehler oder versteckte Annahmen? Wie kann man Fehler oder Manipulationen entdecken und vermeiden?
Informatik für Games
Welche Techniken der Informatik werden für die Entwicklung von Games eingesetzt oder könnten diese weiter bringen?
Abschlussarbeiten
Gerne betreue ich Ihre Abschlussarbeit in Informatik oder Bioinformatik, z.B. im Bereich Datenanalyse, Algorithmen oder Computerspiele. Bitte nehmen Sie mit mir Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! auf und kommen Sie in meine Sprechstunde.
Publikationen
Prof. Dr. Cornelia Meckbach
Werdegang
Nach meinem Bachelor in Biologie an der Georg-August-Universität Göttingen habe ich dort auch einen Master in Angewandter Informatik angeschlossen (Anwendungsfach Biologie). Promoviert habe ich am Institut für Bioinformatik der Universitätsmedizin Göttingen zum Thema "Informationstheoretische Methoden für die Detektion von Transkriptionsfaktor-Paarungen". Zeitgleich war ich dort in einem Drittmittelprojekt über Entzündungsreaktionen in der Lunge angestellt und hatte Lehraufträge an der Uni zum Thema Statistik mit R. Nach meiner Promotion war ich im Bereich Data Science an der Univertiät Göttingen tätig.
Schwerpunkte
Den aktuellen thematischen Schwerpunkt meiner Forschung sehe ich zum einen auf der Erforschung der Genexpression, mit Fokus auf die Transkription. Methodisch bin ich sehr offen, versuche aber vermehrt maschinelles Lernen einzusetzen (wo es sich sinnvoll anbietet).
Projekte
Ich bin sehr offen gegenüber Ihren eigenen Ideen und freue mich mit Ihnen zusammen, auch vielleich nicht so bekannte Felder zu erforschen.
Anbei ein Einblick in Gebiete für Themenvorschläge meinerseits:
Bioinformatik:
Alles im Bereich Genregulation, Mustersuche und Informationsgeneeration aus Sequenzen. Gerne auch mit der Anwendung von maschinellem Lernen. Netzwerkerstellung und Anaylse rund um die Bioinformatik
Data Science:
Anwendung von maschinellem Lernen & neuronalen Netzen auf verschiedene Fragestellungen. Analyse von GPS Daten bezogen auf Tierverhalten. Zeitreihendaten-Analysen ....
