BI1016 Genexpressionsanalyse

Modulverantwortliche
  • Prof. Dr. Heinz-Uwe Hobohm
Lehrende
  • Prof. Dr. Franz Cemic
  • Prof. Dr. Andreas Peter Dominik
  • Prof. Dr. Heinz-Uwe Hobohm
Notwendige Voraussetzungen zur Teilnahme

Gute bis sehr gute Fähigkeit zur Programmierung in einer Skriptsprache, z.B. Perl oder Python, sowie einer Hochsprache (bevorzugt Java, C++, Objective C). Grundkenntnisse des Betriebssystem Unix

Kurzbeschreibung

Analyse von Transkriptomik- und anderen Hochdurchsatzdaten. Anwendung und Programmierung von Bioinformatikwerkzeugen.

Inhalte

Einführung in Hochdurchsatztechniken mit dem Schwerpunkt Transkriptomik, RNASeq. Proteinidentifikation aus MS-Daten. Berechnung von Hintergrundrauschen, Normalisierung, Signalsummation, Fold-change, Volcano-Plot aus DNA-Chip- und RNASeq Daten.

Qualifikations- und Lernziele

Die Studierenden können in der öffentlichen Domäne verfügbare Bioinformatikwerkzeuge in Form von Analysepipelines verbinden und allein und gemeinsam selbständig eigene Werkzeuge programmieren. Sie können diese Werkzeuge zur Lösung typischer bioinformatischer Fragestellungen einsetzen.

ECTS-Leistungspunkte (CrP)
  • 6 CrP
  • Arbeitsaufwand 180 Std.
  • Präsenzzeit 90 Std.
  • Selbststudium 90 Std.
Lehr- und Lernformen
  • 6 SWS
  • Vorlesung 2 SWS
  • Übung 2 SWS
  • Praktikum 2 SWS
Studiensemester
  • Bioinformatik (B.Sc. 2012)
  • Informatik (B.Sc. 2010)
  • Ingenieur-Informatik (B.Sc. 2010)
Dauer
1 Semester
Häufigkeit des Angebots
Einmal im Jahr
Unterrichtssprache
Deutsch
Bonuspunkte

Nein

Bonuspunkte werden gemäß § 9 (4) der Allgemeinen Bestimmungen vergeben. Art und Weise der Zusatzleistungen wird den Studierenden zu Veranstaltungsbeginn rechtzeitig und in geeigneter Art und Weise mitgeteilt.

Prüfungsleistungen

Prüfungsvorleistung: Programmierübungen (Abnahme selbst programmierter Verknüpfungstools)

Prüfungsleistung: Klausur

Benotung
Die Bewertung des Moduls erfolgt gemäß § 9 der Allgemeinen Bestimmungen (Teil I der Prüfungsordnung).
Verwendbarkeit
Gemäß § 5 der Allgemeinen Bestimmungen (Teil I der Prüfungsordnung) Verwendbarkeit in allen Bachelorstudiengänge der THM möglich.
Literatur, Medien
  • Anna Tramontano: Introduction to bioinformatics
  • Mount: Bioinformatics: Sequence and Genome analysis
  • Baxevanis / Ouellette: Bioinformatics: A practical guide
  • Kursskript
  • Aktuelle Publikationen

Rechtliche Hinweise