BI1017 Algorithmen auf Sequenzen

Modulverantwortliche
  • Prof. Dr. Andreas Gogol-Döring
Lehrende
  • Prof. Dr. Franz Cemic
  • Prof. Dr. Andreas Peter Dominik
  • Prof. Dr. Andreas Gogol-Döring
  • Prof. Dr. Heinz-Uwe Hobohm
Notwendige Voraussetzungen zur Teilnahme

CS1017 Algorithmen und Datenstrukturen,

Programmiererfahrung in einer Skriptsprache

Vorausgesetzte Module
Empfohlene Voraussetzungen zur Teilnahme

Programmiererfahrung in einer Skriptsprache

Kurzbeschreibung

Grundlegende Methoden für das Suchen, Vergleichen, Alignieren und Assemblieren von Sequenzdaten.

Inhalte
  • Grundlegende Algorithmen und Datenstrukturen zur Analyse von Sequenzen (z.B. exakte und approximative Stringsuche, paarweises und multiples Sequenzalignment, Suffixarrays).
  • Grundlegende algorithmische Techniken (z.B. dynamische Programmierung)
  • Gängige Software zur Sequenzanalyse (z.B. Blast)
  • Anwendung der Algorithmen in Praxisbeispielen
Qualifikations- und Lernziele

Die Studierenden kennen und verstehen grundlegende Algorithmen und Datenstrukturen zur Analyse von Sequenzen, können ihre Leistungsparameter abschätzen und sie implementieren. Sie kennen gängige bioinformatische Software zur Sequenzanalyse, verstehen die verwendeten Algorithmen, und können sie anwenden, um alleine oder in Gruppen Lösungen für typische Fragestellungen der Bioinformatik zu entwickeln.

ECTS-Leistungspunkte (CrP)
  • 6 CrP
  • Arbeitsaufwand 180 Std.
  • Präsenzzeit 90 Std.
  • Selbststudium 90 Std.
Lehr- und Lernformen
  • 6 SWS
  • Seminaristischer Unterricht 4 SWS
  • Praktikum 2 SWS
Studiensemester
  • Bioinformatik (B.Sc. 2012)
  • Informatik (B.Sc. 2010)
  • Ingenieur-Informatik (B.Sc. 2010)
Dauer
1 Semester
Häufigkeit des Angebots
Einmal im Jahr
Unterrichtssprache
Deutsch
Bonuspunkte

Nein

Bonuspunkte werden gemäß § 9 (4) der Allgemeinen Bestimmungen vergeben. Art und Weise der Zusatzleistungen wird den Studierenden zu Veranstaltungsbeginn rechtzeitig und in geeigneter Art und Weise mitgeteilt.

Prüfungsleistungen

Prüfungsvorleistung: 3 anerkannte Hausübungen

Prüfungsleistung: Klausur oder mündliche Prüfung (Art des Leistungsnachweises wird den Studierenden rechtzeitig und in geeigneter Weise bekannt gegeben)

Benotung
Die Bewertung des Moduls erfolgt gemäß § 9 der Allgemeinen Bestimmungen (Teil I der Prüfungsordnung).
Verwendbarkeit
Gemäß § 5 der Allgemeinen Bestimmungen (Teil I der Prüfungsordnung) Verwendbarkeit in allen Bachelorstudiengänge der THM möglich.
Literatur, Medien
  • N.C. Jones, P.A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms The MIT Press
  • D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology
  • V. Mäkinen et al: Genome-Scale Algorithm Design

Rechtliche Hinweise