BI1012 Skriptsprachen in der Bioinformatik

Modulverantwortliche
  • Prof. Dr. Andreas Gogol-Döring
Lehrende
  • Eric Hartmann
Notwendige Voraussetzungen zur Teilnahme

Keine

Kurzbeschreibung

Unix und Skriptsprachen mit Fokus auf bioinformatische Anwendungen

Inhalte
  • Unix-Tools wie awk, sed, emacs, shell, shell-scripts, pipe usw.
  • Skriptsprache wie z.B. Python oder Julia unter Anwendung bioinformatischer Bibliotheken.
Qualifikations- und Lernziele

Fachkompetenzen

  • Die Studierenden können Einsatzzweck und Inhalte spezieller Bioinformatikbibliotheken wie z.B. BioPython wiedergeben.
  • Sie können grundlegende Befehle und Tools der Unix-Kommandozeile benennen und ihre Funktion erläutern.

Methodenkompetenzen (fachlich & überfachlich)

  • Die Studierenden können in einer Skriptsprache wie z. B. Python oder Julia programmieren.
  • Sie können spezielle Bioinformatikbibliotheken wie z.B. BioPython zur Lösung einfacher bioinformatischer Aufgabenstellung einsetzen.
  • Sie können grundlegende Befehle und Tools der Unix-Kommandozeile zielgerichtet einsetzen, um Steuerungs- und Datenverarbeitungsziele zu erreichen.

Sozialkompetenzen

  • Die Studierenden sind in der Lage, gemeinsam in der Gruppe Bioinformatikanwendungen zu erstellen und zu präsentieren.

Selbstkompetenzen

ECTS-Leistungspunkte (CrP)
  • 6 CrP
  • Arbeitsaufwand 180 Std.
  • Präsenzzeit 60 Std.
  • Selbststudium 120 Std.
Lehr- und Lernformen
  • 4 SWS
  • Seminaristischer Unterricht 4 SWS
Studiensemester
  • Bioinformatik (B.Sc. 2012)
  • Informatik (B.Sc. 2010)
  • Ingenieur-Informatik (B.Sc. 2010)
Dauer
1 Semester
Häufigkeit des Angebots
Jedes Semester
Unterrichtssprache
Deutsch
Bonuspunkte

Ja

Bonuspunkte werden gemäß § 9 (4) der Allgemeinen Bestimmungen vergeben. Art und Weise der Zusatzleistungen wird den Studierenden zu Veranstaltungsbeginn rechtzeitig und in geeigneter Art und Weise mitgeteilt.

Prüfungsleistungen

Prüfungsvorleistung: Programmierübungen (Abnahme selbst programmierter Programmieraufgaben)

Prüfungsleistung: Klausur

Benotung
Die Bewertung des Moduls erfolgt gemäß §§ 9, ggf. 12 (Teilleistungen), ggf. 18 (Arbeiten, Kolloquien) der Allgemeinen Bestimmungen (Teil I der Prüfungsordnung).
Verwendbarkeit
Gemäß § 5 der Allgemeinen Bestimmungen (Teil I der Prüfungsordnung) Verwendbarkeit in allen Bachelorstudiengänge der THM möglich.
Literatur, Medien
  • Power, S.; Peek, J.: Unix Power Tools. O'Reilly.
  • Martelli, A.; Ravenscrof, A.; Holden, S.: Python in a Nutshell. O’Reilly.
  • Antao, T.: Bioinformatics with Python Cookbook. Packt Publishing.
  • Kursskript

Rechtliche Hinweise