BI1002 Bioinformatik 2 mit Projekt

Modulverantwortliche
  • Prof. Dr. Andreas Gogol-Döring
Lehrende
  • Prof. Dr. Franz Cemic
  • Prof. Dr. Andreas Peter Dominik
  • Prof. Dr. Andreas Gogol-Döring
  • Eric Hartmann
  • Prof. Dr. Cornelia Sigges
Vorausgesetzte Module
Kurzbeschreibung

Kenntnisse über die Methoden der Bioinformatik werden vertieft und in einem Projekt praktisch angewendet.

Inhalte
  • Einrichtung und Verwendung von Linux als Arbeitsumgebung
  • Programmierung in einer Skriptsprache wie z.B. Python, auch unter Anwendung von Softwarebibliotheken
  • Lösung einer umfangreichen praktischen Aufgabe mit Hilfe bioinformatischen Methoden
Qualifikations- und Lernziele

Fachkompetenzen

  • Die Studierenden können grundlegende Befehle und Tools der Unix-Kommandozeile benennen und ihre Funktion erläutern.
  • Sie können den Einsatzzweck und die Inhalte spezieller Bioinformatikbibliotheken wie z.B. BioPython wiedergeben.
  • Sie können die für ihr Projekt geeigneten Methoden und Techniken auswählen und diese Entscheidung begründen.

Methodenkompetenzen (fachlich & überfachlich)

  • Die Studierenden können grundlegende Befehle und Tools der Unix-Kommandozeile zielgerichtet einsetzen, um Steuerungs- und Datenverarbeitungsziele zu erreichen.
  • Sie können in einer Skriptsprache wie z. B. Python programmieren.
  • Sie können Programmbibliotheken und Softwaretools zur Lösung einfacher bioinformatischer Aufgabenstellungen einsetzen.

Sozialkompetenzen

  • Die Studierenden sind in der Lage, die von ihnen erarbeiteten Lösungen zu präsentieren und die dabei eingesetzten Methoden zu erläutern und argumentativ zu begründen.
  • Sie können in Gruppen kooperativ und effektiv Lösungen für Aufgaben entwickeln und sich dabei gegenseitig unterstützen.

Selbstkompetenzen

  • Die Studierenden können eigenständig Lehrinhalte erarbeiten, präsentieren und praktisch vertiefen.
  • Sie sind in der Lage, selbständig Bioinformatikanwendungen zu konzipieren und zu implementieren.
  • Sie können ihre zeitlichen Ressourcen sinnvoll einplanen – auch in Kooperation mit Gruppenmitgliedern.
ECTS-Leistungspunkte (CrP)
  • 6 CrP
  • Arbeitsaufwand 180 Std.
  • Präsenzzeit 90 Std.
  • Selbststudium 90 Std.
Lehr- und Lernformen
  • 6 SWS
  • Seminaristischer Unterricht 3 SWS
  • Projekt 3 SWS
Studiensemester
  • Bioinformatik (B.Sc. 2022)
Dauer
1 Semester
Häufigkeit des Angebots
Jedes Semester
Unterrichtssprache
Deutsch
Bonuspunkte

Ja

Bonuspunkte werden gemäß § 9 (4) der Allgemeinen Bestimmungen vergeben. Art und Weise der Zusatzleistungen wird den Studierenden zu Veranstaltungsbeginn rechtzeitig und in geeigneter Art und Weise mitgeteilt.

Prüfungsleistungen

Prüfungsvorleistung:

Programmierübungen (Abnahme selbst programmierter Programmieraufgaben) (Umfang und Anzahl wird den Studierenden rechtzeitig und in geeigneter Weise bekannt gegeben.)

Prüfungsleistung:

Teilleistung 1: Projekt (100%)

Teilleistung 2: Teilnahme am Reflexionsgespräch nach Ende der Vorlesungszeit des gleichen Semesters (0%)

Benotung
Die Bewertung des Moduls erfolgt gemäß §§ 9, ggf. 12 (Teilleistungen), ggf. 18 (Arbeiten, Kolloquien) der Allgemeinen Bestimmungen (Teil I der Prüfungsordnung).
Verwendbarkeit
Gemäß § 5 der Allgemeinen Bestimmungen (Teil I der Prüfungsordnung) Verwendbarkeit in allen Bachelorstudiengänge der THM möglich.
Voraussetzung für Module
Literatur, Medien
  • Power, S.; Peek, J.: Unix Power Tools. O'Reilly.
  • Martelli, A.; Ravenscrof, A.; Holden, S.: Python in a Nutshell. O’Reilly.
  • Antao, T.: Bioinformatics with Python Cookbook. Packt Publishing.
  • Kofler, M.: Linux. Rheinwerk.

Rechtliche Hinweise