• Prof. Dr. Cornelia Meckbach

• Prof. Dr. Cornelia Meckbach

Keine

Das Modul umfasst klassische bioinformatische Algorithmen und Datenstrukturen. Weiterhin werden neue bioinformatische Methoden behandelt und diskutiert.

• Methoden zur Erstellung multipler Alignments
• Verfahren zur Vorhersage von RNA-Sekundärstrukturen
• Methoden für die Detektion biologischer Motive
• Neue Methoden für Sequenzvergleiche (z.B. k-mers, gapped k-mers)
• Informationstheoretische Anwendungen
• Burrows-Wheeler-Transformation
• Weitere erfolgreiche und aktuelle Methoden und Datenstrukturen in der Bioinformatik

Einfache Verfahren werden teilweise oder ganz nachimplementiert.

Fachkompetenzen

• Die Studierenden können die erlernten Techniken benennen, erklären und analysieren.
• Sie können Vor- und Nachteile der erlernten Techniken benennen und mit anderen Techniken vergleichen.
• Sie können für eine gegebene Problemstellung geeignete Techniken auswählen.

Methodenkompetenzen (fachlich & überfachlich)

Die Studierenden

• können die passenden erlernten Techniken auf bioinformatische Fragestellungen anwenden.
• können die Leistungsparameter der erlernten Techniken abschätzen und kritisch bewerten.
• können die erlernten Techniken auf weitere Probleme transferiert anwenden.
• sind in der Lage, einfache Algorithmen und/oder Datenstrukturen zu implementieren.

Sozialkompetenzen

• Die Studierenden können die Anwendbarkeit und Genauigkeit der Methoden und Verfahren diskutieren und kritisch bewerten.
• Sie können die gelernten Prinzipien klar verständlich erklären und Fragen beantworten.
• Sie können über Problemstellungen und ihre Lösungsmöglichkeiten aus den genannten Gebieten kommunizieren.

Selbstkompetenzen

• Die Studierenden können sich selbstständig benötigtes Wissen auf dem aktuellen Stand der Technik aneignen.
• Sie können die Anforderungen des Moduls mit ihrem eigenen Vorwissen abgleichen und entsprechend Wissenslücken selbstständig schließen.

• 6 CrP
• Arbeitsaufwand 180 Std.
• Präsenzzeit 60 Std.
• Selbststudium 120 Std.

• 4 SWS
• Seminaristischer Unterricht 2SWS
• Übung 2SWS

• Bioinformatik (B.Sc. 2012)

Ja

Bonuspunkte werden gemäß § 9 (4) der Allgemeinen Bestimmungen vergeben. Art und Weise der Zusatzleistungen wird den Studierenden zu Veranstaltungsbeginn rechtzeitig und in geeigneter Art und Weise mitgeteilt.

Prüfungsvorleistung: Keine

Prüfungsleistung: Klausur oder mündliche Prüfung (Art der Prüfungsleistung wird den Studierenden rechtzeitig und in geeigneter Weise bekannt gegeben.)

• Durbin, R.: Biological Sequence Analysis. Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press.
• Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees and Sequences. Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press.
• Jones, N. C.; Pevzner, P. A.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. The MIT Press.