• Prof. Dr. Franz Cemic

• Prof. Dr. Franz Cemic
• Prof. Dr. Andreas Peter Dominik
• Prof. Dr. Cornelia Meckbach

Keine

Gute Programmiererfahrung in Python

Analyse von Transkriptomik- und anderen Hochdurchsatzdaten. Anwendung und Programmierung von Bioinformatikwerkzeugen.

• Einführung in die Programmiersprache R
• Einführung in Hochdurchsatztechniken mit dem Schwerpunkt Transkriptomik, Proteinidentifikation aus MS-Daten
• Mechanismen der Expressionsregulation
• Standardsoftware zur Auswertung von Transkriptionsexperimenten

Fachkompetenzen

• Die Studierenden können die im Kurs vorgestellten Auswertesoftware von RNAseq-Experimenten oder Massenspektrometrie anhand der dahinterliegenden statistischen Modelle beschreiben und erläutern.
• Sie können die wesentlichen Konstrukte der Programmiersprache R an Beispielen darstellen.
• Sie sind in der Lage, die wichtigsten Mechanismen der Genregulation wiederzugeben.
• Sie können Diagnoseplots zur differentiellen Genexpression interpretieren.

Methodenkompetenzen (fachlich & überfachlich)

• Die Studierenden können in der öffentlichen Domäne verfügbare Bioinformatikwerkzeuge in Form von Analysepipelines verbinden.
• Sie können diese Werkzeuge zur Lösung typischer bioinformatischer Fragestellungen einsetzen.
• Sie können einfache Algorithmen in R umzusetzen.

Sozialkompetenzen

• Die Studierenden können Aufgaben in Gruppen-/ Teamarbeit gemeinsam konstruktiv lösen und sich dabei gegenseitig unterstützen.
• Sie sind in der Lage ihre Lösungen von Aufgaben argumentativ zu verteidigen und in der Seminaröffentlichkeit vorzutragen.

Selbstkompetenzen

• Sie können allein oder in kleinen Teams selbständig eigene Werkzeuge programmieren.
• Die Studierenden können eigenständig Lehrinhalte erarbeiten, präsentieren und praktisch vertiefen.
• Sie können Lösungen konzentriert, genau und zielgerichtet erarbeiten.

• 6 CrP
• Arbeitsaufwand 180 Std.
• Präsenzzeit 90 Std.
• Selbststudium 90 Std.

• 6 SWS
• Vorlesung 2 SWS
• Übung 2 SWS
• Praktikum 2 SWS

• Bioinformatik (B.Sc. 2012)
• Informatik (B.Sc. 2010)
• Ingenieur-Informatik (B.Sc. 2010)

Nein

Bonuspunkte werden gemäß § 9 (4) der Allgemeinen Bestimmungen vergeben. Art und Weise der Zusatzleistungen wird den Studierenden zu Veranstaltungsbeginn rechtzeitig und in geeigneter Art und Weise mitgeteilt.

Prüfungsvorleistung: Programmierübungen (Abnahme selbst programmierter Verknüpfungstools)

Prüfungsleistung: Klausur oder mündliche Prüfung (Art der Prüfungsleistung wird den Studierenden rechtzeitig und in geeigneter Weise bekannt gegeben)

• Alberts, E. et al.: Essential Cell Biology. Norton & Company.
• Pevsner, J: Bioinformatics and Functional Genomics. Wiley Blackwell.
• Sung, W: Algorithms for Next-Generation-Sequencing. CRC-Press.
• Aktuelle Publikationen und Vignetten zu Auswertesoftware