Sequenzdatenanalyse

Modulnummer
BI2019
Modulverantwortliche
Andreas Gogol-Döring
Dozenten
Andreas Gogol-Döring
Kurzbeschreibung

Die Auswertung großer Mengen von DNA- oder RNA-Sequenzen, wie sie von High-Troughput-Sequencing-Verfahren generiert werden.

Qualifikations- und Lernziele

Die Studierenden kennen grundlegende Methoden zur Verarbeitung von High-Throughput-Sequencing (HTS) Daten aus unterschiedlichen Anwendungen. Sie sind in der Lage, mit gängigen und mit selbst entwickelten Softwaretools eigenständig und im Team HTS Daten auszuwerten, und sie miteinander und mit Informationen aus Datenbanken zu verknüpfen, um so zu biologisch relevanten Ergebnissen zu gelangen. Darüber hinaus können sie die von ihnen zur Datenanalyse verwendeten Methoden sowie die daraus gewonnenen Ergebnisse korrekt und verständlich darlegen.

Lerninhalte
  • Grundlegende Verarbeitungsschritte von HTS Daten, wie Qualitätskontrolle, Read Mapping, usw.,
  • Unterschiedliche Anwendungen von HTS, wie z.B. RNA-Seq, ChIPSeq, usw.
  • Integration und Verknüpfung unterschiedlicher Datensätze
  • Methoden der Dateninterpretation unter Zuhilfenahme von Informationen aus öffentlichen Datenbanken
  • Eigenständige Bearbeitung von HTS Daten im Rahmen eines Datenanalyseprojekts.
Moduldauer (Semester)
1
Unterrichtssprache
Deutsch
Gesamtaufwand
6 CrP; 180 Stunden, davon etwa 60 Stunden Präsenzzeit.
Semesterwochenstunden
4
Lernformen

Seminaristischer Unterricht 2 SWS, Praktikum 2 SWS

Geprüfte Leistung

Prüfungsvorleistung: Regelmäßige (mindestens 70% der Veranstaltungen) und aktive Teilnahme am Unterricht. Eigenverantwortliche Durchführung eines Datenanalyseprojekts.

Prüfungsleistung: mündliche Prüfung mit Präsentation der Analyseergebnisse.

Bewertungsstandard

Bewertung der Prüfungsleistung nach § 9 der Prüfungsordnung (Teil I)

Häufigkeit des Angebots
Einmal im Jahr
Voraussetzungen

Grundlegende Kenntnisse in Molekularbiologie, Skriptprogrammierung und der Benutzung von Linux