Genexpressionsanalyse

Modulnummer
BI1016
Modulverantwortlicher
  • Heinz-Uwe Hobohm
Dozent
  • Franz Cemic
  • Andreas Peter Dominik
  • Heinz-Uwe Hobohm
Kurzbeschreibung

Analyse von Transkriptomik- und anderen Hochdurchsatzdaten. Anwendung und Programmierung von Bioinformatikwerkzeugen.

Qualifikations- und Lernziele

Die Studierenden können in der öffentlichen Domäne verfügbare Bioinformatikwerkzeuge in Form von Analysepipelines verbinden und allein und gemeinsam selbständig eigene Werkzeuge programmieren. Sie können diese Werkzeuge zur Lösung typischer bioinformatischer Fragestellungen einsetzen.

Lerninhalte

Einführung in Hochdurchsatztechniken mit dem Schwerpunkt Transkriptomik, RNASeq. Proteinidentifikation aus MS-Daten. Berechnung von Hintergrundrauschen, Normalisierung, Signalsummation, Fold-change, Volcano-Plot aus DNA-Chip- und RNASeq Daten.

Moduldauer (Semester)
1
Unterrichtssprache
Deutsch
Gesamtaufwand
6.0 CrP; 180 Stunden, davon etwa 90 Stunden Präsenzzeit.
Semesterwochenstunden
6
Lernformen

Vorlesung 2 SWS, Übung 2 SWS, Praktikum 2 SWS

Geprüfte Leistung

Prüfungsvorleistung: Programmierübungen (Abnahme selbst programmierter Verknüpfungstools)

Prüfungsleistung: Klausur

Bewertungsstandard

Bewertung der Prüfungsleistung nach § 9 der allgemeinen Bestimmungen für Bachelorprüfungsordnungen

Bonuspunkte
keine
Häufigkeit des Angebots
Einmal im Jahr
Literatur
  • Anna Tramontano: Introduction to bioinformatics
  • Mount: Bioinformatics: Sequence and Genome analysis
  • Baxevanis / Ouellette: Bioinformatics: A practical guide
  • Kursskript
  • Aktuelle Publikationen
Voraussetzungen

Gute bis sehr gute Fähigkeit zur Programmierung in einer Skriptsprache, z.B. Perl oder Python, sowie einer Hochsprache (bevorzugt Java, C++, Objective C). Grundkenntnisse des Betriebssystem Unix