Algorithmen auf Sequenzen

Modulnummer
BI1017
Modulverantwortlicher
  • Andreas Gogol-Döring
Dozent
  • Franz Cemic
  • Andreas Peter Dominik
  • Andreas Gogol-Döring
  • Heinz-Uwe Hobohm
Kurzbeschreibung

Grundlegende Methoden für das Suchen, Vergleichen, Alignieren und Assemblieren von Sequenzdaten.

Qualifikations- und Lernziele

Die Studierenden kennen und verstehen grundlegende Algorithmen und Datenstrukturen zur Analyse von Sequenzen, können ihre Leistungsparameter abschätzen und sie implementieren. Sie kennen gängige bioinformatische Software zur Sequenzanalyse, verstehen die verwendeten Algorithmen, und können sie anwenden, um alleine oder in Gruppen Lösungen für typische Fragestellungen der Bioinformatik zu entwickeln.

Lerninhalte
  • Grundlegende Algorithmen und Datenstrukturen zur Analyse von Sequenzen (z.B. exakte und approximative Stringsuche, paarweises und multiples Sequenzalignment, Suffixarrays).
  • Grundlegende algorithmische Techniken (z.B. dynamische Programmierung)
  • Gängige Software zur Sequenzanalyse (z.B. Blast)
  • Anwendung der Algorithmen in Praxisbeispielen
Moduldauer (Semester)
1
Unterrichtssprache
Deutsch
Gesamtaufwand
6 CrP; 180 Stunden, davon etwa 90 Stunden Präsenzzeit.
Semesterwochenstunden
6
Lernformen

Seminaristischer Unterricht 4 SWS, Praktikum 2 SWS

Geprüfte Leistung

Prüfungsvorleistung: 3 anerkannte Hausübungen

Prüfungsleistung: Klausur oder mündliche Prüfung (Art des Leistungsnachweises wird den Studierenden rechtzeitig und in geeigneter Weise bekannt gegeben)

Bewertungsstandard

Bewertung der Prüfungsleistung nach § 9 der allgemeinen Bestimmungen für Bachelorprüfungsordnungen

Bonuspunkte
keine
Häufigkeit des Angebots
Einmal im Jahr
Literatur
  • N.C. Jones, P.A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms The MIT Press
  • D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology
  • V. Mäkinen et al: Genome-Scale Algorithm Design
Voraussetzungen

CS1017 Algorithmen und Datenstrukturen,

Programmiererfahrung in einer Skriptsprache

Vorausgesetzte Module
Empfohlene Voraussetzungen

Programmiererfahrung in einer Skriptsprache