Skriptsprachen in der Bioinformatik

Kurzame
Skriptsprachen in Bioinf.
Modulnummer
BI1012
Modulverantwortlicher
  • Heinz-Uwe Hobohm
Dozent
  • Eric Hartmann
  • Heinz-Uwe Hobohm
Kurzbeschreibung
Unix und Skriptsprachen mit Fokus auf bioinformatische Anwendungen
Qualifikations- und Lernziele

Studierende können in einer Skriptsprache wie Perl oder Python programmieren. Sie lernen spezielle Bioinformatikbibliotheken wie z.B. BioPerl kennen. Die Unix-Kommandozeile sowie die wichtigsten Unix-Tools sind ihnen vertraut.

Die Studierenden sind in der Lage, gemeinsam in der Gruppe Bioinformatikanwendungen zu erstellen und zu präsentieren.

Lerninhalte

Unix-Tools wie awk, sed, emacs, shell, shell-scripts, pipe usw. Skriptsprache wie z.B. Perl oder Python unter Anwendung bioinformatischer Bibliotheken.

Moduldauer (Semester)
1
Unterrichtssprache
Deutsch
Gesamtaufwand
6 CrP; 180 Stunden, davon etwa 60 Stunden Präsenzzeit.
Semesterwochenstunden
4
Lernformen

Seminaristischer Unterricht 4 SWS

Geprüfte Leistung

Prüfungsvorleistung: Programmierübungen (Abnahme selbst programmierter Programmieraufgaben)

Prüfungsleistung: Klausur

Bewertungsstandard

Bewertung der Prüfungsleistung nach § 9 der allgemeinen Bestimmungen für Bachelorprüfungsordnungen

Bonuspunkte
Bonuspunkte werden gemäß § 9 Abs. 4 der Allgemeinen Bestimmungen für Bachelorprüfungsordnungen vergeben. Die Vergabe von Bonuspunkten ist dozentenabhängig. Einzelheiten zur Vergabe der Bonuspunkte werden den Studierenden semesterweise jeweils zu Veranstaltungsbeginn rechtzeitig und auf geeignete Art und Weise bekannt gegeben.
Häufigkeit des Angebots
Jedes Semester
Literatur
  • Shelley, Peek, O'Reilly: Unix Powertools
  • Patwardhan, Siever, Spainhour: Perl in a nutshell
  • Kursskript
Voraussetzungen

keine